Atlante

Pada 2002, selepas dua tahun bersara daripada bola sepak, Herrera kembali ke bekas kelab, Atlante. Beliua kemudian dipecat pada 2004 kerana gagal membawa Atlante ke perlawanan akhir.

Monterrey

Untuk Apertura 2004, Herrera dinamakan sebagai ketua jurulatih Monterrey. Beliau berjaya membawa pasukannya ke perlawanan akhir selepas menewaskan bekas kelabnya, Atlante dengan agregat 7-3 pada perlawanan suku akhir. Tetapi pasukannya gagal untuk juara selepas tewas kepada UNAM dengan agregat 3-1. Beliau kemudian sekali lagi berjaya membawa Monterrey ke perlawanan akhir dalam kejohanan Apertura 2005 tetapi tewas sekali lagi pada perlawanan akhir kepada Toluca dengan agregat 6–3. Herrera kemudian menjadi pengurus Monterrey sehingga kejohanan Apertura 2007, di mana kontraknya tamat pada September 2007.

Veracruz

Herrera menjadi pengurus Veracruz selepas pemecatan Antonio Mohamed. Selepas penyingkiran Veracruz ke Primera División A, Herrera berundur daripada menjadi pengurus pasukan itu.

Estudiantes Tecos

Selepas meninggalkan Veracruz, Herrera menjadi pengurus Estudiantes Tecos untuk kejohanan Apertura 2008 menggantikan José Luis Trejo. Beliau dipecat pada 6 September 2010 selepas Tecos tewas 3-0 kepada Guadalajara ketika perlawanan liga kejohanan Apertura.

Kembali ke Atlante

Pada November 2010, Herrera diumumkan sebagai pengurus baru kelab Atlante selepas lapan tahun tidak bersama kelab itu. Di bawah beliau, Atlante menduduki tempat keempat Clausura 2011 tetapi tersingkir pada suku akhir oleh kelab Cruz Azul. Atlante gagal untuk layak ke perlawanan playoff Apertura 2011 dan Herrera tidak memperbaharui kontraknya bersama kelab.

América

Pada 16 November 2011, Herrera secara rasminya menjadi pengurus América. Dalam satu persidangan, Herrera telah menandatangani kontrak enam bulan dan berkata; "Jika selama enam bulan saya tidak memberikan keputuasn, saya pergi."[1]

Pada 7 Januari 2012, América menewaskan Quéretaro 2–0 di mana perlawanan pertama Herrera menang bersama América. América menduduki tempat ketiga di kejohanan Clausura 2012 dan melangkah ke separuh akhir sebelum disingkirkan oleh Monterrey dengan agregat 0–2.

Pada 26 Mei 2013, América menjuarai gelaran kesebelas liga menewaskan Cruz Azul 4–2 dalam tendangan penalti apabila tewas 1-0 pada perlawanan pertama dan bangkit 2-1 pada perlawanan kedua. Ini merupakan trofi pertama Miguel Herrera dalam kerjaya pengurusnya.[2]

Pasukan kebangsaan Mexico

Pada 18 Oktober 2013, Herrera menjadi pengurus pasukan kebangsaan Mexico menggantikan Víctor Manuel Vucetich. Beliau membawa El Tri ke Piala Dunia FIFA 2014 selepas menang 9–3 secara agregat ke atas New Zealand pada perlawanan play-off.

Mexico tersingkir daripada Piala Dunia selepas tewas 2-1 kepada Belanda dalam perlawanan pusingan 16.[3]